Подземелье института НИИ «Агропром» — многоярусные подвалы неясного назначения. С поверхностью соединяется тремя вертикальными колодцами. Один находится к западу от депо, два других — внутри ограды НИИ «Агропром».
Подземелья представляют собой систему длинных коридоров разной ширины. Освещённость, как правило, очень плохая, поэтому рекомендуется использовать ПНВ или фонарь.
Практически все аномалии сосредоточены в одном месте. Аномалии «Электра» полностью занимают коридор, ведущий к лестничной клетке. На самой лестничной клетке много аномалий «Кисель» (они попадаются также и под винтовой лестницей, и в коридорах). Сталкеры, как правило, пользуются для спуска на нижний этаж безопасной винтовой лестницей.
Когда «Долг» занимал НИИ «Агропром», были отмечены атаки снорков. Шрам, затопив подземелья, по-видимому, полностью уничтожил этот вид.
В зале с трубами обитает кровосос, а в коридоре, ведущем к выходу на территорию НИИ — контролёр.
Поскольку подземелья позволяют пройти на территорию военой базы, минуя КПП, в них всегда есть небольшой отряд военных. Вооружение стандартное.
Группа бандитов обосновалась между выходом к депо и винтовой лестницей. Вооружены очень плохо.
В тайной комнате группа Стрелка оборудовала схрон. Вход в него находится в длинном коридоре, который проходит от лестничной клетки до полуразрушенной лестницы.
К подземельям проявляют интерес диггеры, но из-за появления там бандитов пока что приостановили рейды.